Reprendre à 50 % après un arrêt : combien reste-t-il sur le compte ?

Qui décide quoi : médecin, employeur, caisse

La reprise à temps partiel pour raison de santé n'est pas un droit que le salarié active seul. Elle suppose trois accords successifs. Le médecin traitant doit prescrire la reprise partielle et préciser le pourcentage d'activité envisagé. L'employeur doit accepter le principe de ce retour et rédiger une attestation qui indique la nature du poste à temps partiel et la rémunération correspondante. La caisse d'assurance maladie reçoit ensuite la prescription initiale et l'attestation, puis donne son accord après avis du médecin du travail, selon la fiche pratique de l'Assurance Maladie destinée aux employeurs.

Le médecin du travail intervient avant la reprise : une visite de reprise aboutit à un avis d'aptitude ou d'inaptitude et formule des recommandations sur le poste, les horaires et le rythme. La loi ne fixe ni la durée du temps partiel thérapeutique ni son rythme hebdomadaire : l'employeur et le salarié les arrêtent ensemble, dans le cadre des préconisations du médecin du travail. Le pourcentage peut donc évoluer au fil des prescriptions, par exemple 50 % pendant deux mois puis 80 %.

Cette articulation explique la règle d'or du calcul : chaque modification du pourcentage prescrit entraîne un nouvel avenant ou une nouvelle attestation, donc une nouvelle base de rémunération. Un changement d'horaire décidé sans nouvel accord peut retarder le paiement des indemnités journalières.

Le salaire versé par l'employeur : un prorata

Pendant le temps partiel thérapeutique, le contrat de travail continue à s'exécuter, mais sur une durée réduite. L'employeur ne paie que les heures effectivement travaillées. Le salaire de base est donc proportionnel à la quotité de travail retenue, comme pour tout temps partiel.

Exemple pour un salarié non cadre à 3 000 € brut par mois à temps complet (151,67 heures, soit un taux horaire d'environ 19,78 €). Les trois niveaux de reprise fréquents donnent les résultats suivants, avec le net calculé selon les barèmes 2026 et un prélèvement à la source au taux neutre.

Le taux d'impôt neutre diminue avec le salaire, ce qui explique que le net à payer baisse un peu moins vite que le brut entre les lignes du tableau. Pour un salarié qui a un taux personnalisé, le résultat diffère. Le point important est que la baisse de net est proche de 47 % entre 100 % et 50 % d'activité (de 2 244,40 € à 1 187,40 €), alors que le temps de travail est divisé par deux : les cotisations ne sont pas proportionnelles, mais elles restent calculées sur un salaire plus faible.

Les indemnités journalières pendant la reprise partielle

L'intérêt du dispositif est que l'Assurance Maladie continue de verser des indemnités journalières pour compenser une partie de la perte de salaire. L'employeur le sait : il déclare sur le portail net-entreprises l'attestation de travail pour ce motif, avec, dans la rubrique des salaires de référence, la période de temps partiel, le salaire brut effectivement perçu pendant cette période, le motif de l'absence et le salaire brut perdu pendant cette période. Ces deux montants, salaire reçu et salaire perdu, sont les données sur lesquelles la caisse calcule son versement.

La page de l'Assurance Maladie consultée ne détaille pas la formule de l'IJ pendant le temps partiel thérapeutique ni le plafond de cumul entre salaire et IJ : ces points sont à confirmer auprès de votre caisse. Ce que l'on peut établir à partir des règles de l'arrêt maladie, c'est l'ordre de grandeur maximal. Pour l'arrêt maladie ordinaire, l'IJ est de 50 % du salaire journalier de base, ce dernier étant plafonné à 85,93 € par jour en 2026, soit une IJ maximale de 42,97 € par jour. Sur 30 jours, cela représente au plus 1 289,10 € brut. Pour un salarié à 3 000 € brut, les trois derniers salaires donnent 98,63 € de salaire journalier avant plafonnement : le plafond joue, et l'IJ de référence est de 42,97 €.

Il serait imprudent de supposer que ce plafond s'additionne au salaire à taux plein : l'IJ pendant la reprise vise à compenser la perte de rémunération, pas à la dépasser. Dans l'exemple à 50 %, la perte déclarée est de 1 500 € brut. L'IJ éventuellement versée viendra donc réduire cet écart, dans une limite qui reste à confirmer par la caisse.

Reconstituer le revenu du mois : trois configurations

Pour comparer, trois configurations mensuelles pour le même salarié. Les montants d'IJ sont des plafonds brut, avant prélèvements sociaux, présentés comme un ordre de grandeur.

Le salaire du mois en temps partiel thérapeutique se situe donc, avant prise en compte du calcul exact de la caisse, entre 50 % et un peu moins de 93 % du salaire habituel. Le chiffre définitif dépend du plafonnement de l'IJ et de la prise en compte du salaire perdu. Avant d'engager une dépense qui dépend de ce revenu, la bonne démarche consiste à demander à la caisse une simulation écrite à partir de l'attestation de l'employeur.

À l'inverse, une comparaison utile concerne le coût du non-retour. Rester en arrêt total plutôt que reprendre à 50 % réduit le revenu brut à 1 289,10 € au plus, soit 43 % du salaire à temps plein, alors que le temps partiel thérapeutique maintient au minimum le salaire de 1 500 € brut. Le dispositif améliore ainsi le revenu dans la plupart des cas, sans garantir un montant précis.

Le complément de l'employeur et de la prévoyance

Au-delà de la loi, deux sources peuvent combler l'écart. La convention collective de branche ou l'accord d'entreprise peut prévoir un complément pendant le temps partiel thérapeutique, qui équivaut parfois à un maintien du salaire à 100 %, IJ comprises. Le régime de prévoyance collective, quand il existe, verse une indemnité calculée selon son contrat, souvent en pourcentage du salaire annuel brut et sous condition de prise en charge de l'arrêt par la Sécurité sociale. Les deux dispositifs sont indépendants de la prescription médicale : leur application dépend de la rédaction du contrat.

Pour le savoir, demandez à votre employeur la notice de prévoyance et la mention de la convention collective sur le bulletin de paie. Interrogez le service des ressources humaines sur trois points précis : le complément s'applique-t-il en temps partiel thérapeutique, sur quelle base de salaire est-il calculé, et à partir de quel jour d'arrêt. La réponse écrite évite les surprises sur le premier virement.

Points pratiques sur les congés, les primes et les heures

Le temps partiel thérapeutique soulève des questions de paie que le calcul de l'IJ ne règle pas. Les primes dépendent de leur nature : une prime de performance prévue au contrat est en général proratisée selon le temps de présence, tandis qu'une prime de fin d'année peut suivre les règles de l'entreprise. Les heures supplémentaires ne s'accordent pas avec une prescription médicale qui limite le temps de travail : elles sont à éviter, car elles pourraient contredire les recommandations du médecin du travail et fragiliser l'indemnisation.

Pour les congés payés, le salaire pris en compte pour l'indemnité reflète les périodes passées ; consultez la page de référence sur l'indemnité de congés payés pour la méthode de comparaison entre le dixième et le maintien. Enfin, vérifiez à chaque échéance que le pourcentage inscrit sur la prescription, le planning réel et la déclaration de l'employeur concordent : un écart d'une demi-journée par semaine suffit à bloquer un versement.