Le principe : un seul payeur pour le salarié
Sans subrogation, le salarié reçoit deux versements distincts pendant son arrêt : les IJ de la caisse, environ tous les quatorze jours, et le salaire ou le complément de l'employeur, à la date de paie. Il peut vérifier chacun, mais l'ensemble arrive en ordre dispersé. Avec la subrogation, l'employeur continue de payer le salaire maintenu à la date habituelle et se fait rembourser, par la caisse, des IJ correspondantes. Le salarié n'a plus qu'un seul interlocuteur et une seule date de paie.
Le mécanisme est décrit par l'Assurance maladie : la subrogation permet à l'employeur de percevoir directement les IJ puis de les verser au salarié avec le salaire maintenu. Elle peut couvrir toute la durée de l'arrêt ou une partie seulement, et ne se déclenche que si les conditions ci-dessous sont réunies.
Les deux conditions à vérifier avant de la demander
Selon la page de l'Assurance maladie consacrée à la subrogation, deux conditions doivent être réunies :
- le salaire est versé en totalité ou en partie par l'employeur pendant l'arrêt, en application de la convention collective ou de l'accord applicable ;
- le salaire maintenu est au moins égal aux indemnités journalières perçues sur la même période.
La seconde condition protège le salarié : on ne peut pas confisquer des IJ à quelqu'un qui recevrait moins que ce qu'elles représentent. La page donne un exemple : avec des IJ de 32,87 € par jour, le salaire maintenu doit être d'au moins 32,87 € par jour. Dans la pratique, cela exclut la subrogation sur les jours où l'employeur ne verse rien (par exemple pendant sa carence) ou lorsque la période de maintien est épuisée.
La page ne mentionne pas d'accord à obtenir du salarié, mais la subrogation doit être cohérente avec la convention collective et le contrat. Beaucoup de conventions la prévoient expressément, ce qui vaut engagement envers le salarié.
Dates de début et de fin : le piège du calendrier
Dans la déclaration, l'employeur renseigne la date de début de la subrogation, qui correspond au début de l'arrêt, et la date de fin, qui correspond à la durée maximale de maintien et de subrogation prévue par la convention collective ou l'accord de branche. La fin peut donc être antérieure à celle de l'arrêt. L'exemple de la caisse : arrêt du 10 au 17 octobre 2018 avec une subrogation de six mois ; les dates à indiquer sont le 10 octobre 2018 (début) et le 9 avril 2019 (fin).
Cette logique contre-intuitive est source d'erreurs. La date de fin n'est pas la reprise du travail mais la limite contractuelle du maintien. Si un salarié prolonge son arrêt au-delà de la date de fin, les IJ lui reviennent directement à partir du lendemain, et l'employeur ne les perçoit plus. À l'inverse, si l'on sous-estime la durée de maintien (par exemple en oubliant l'allongement par tranche de cinq ans d'ancienneté), les IJ de la fin de période partent chez le salarié alors que l'employeur continue de payer : un doublon que seule une régularisation corrige.
Comment la demande est transmise
La demande se fait au moment du signalement d'arrêt dans la déclaration sociale nominative (DSN), via net-entreprises.fr. Les entreprises qui ne sont pas adhérentes à la DSN passent par l'attestation de salaire, en ligne ou par courrier ; dans ce dernier cas, un RIB doit être joint à l'attestation papier. L'employeur doit en outre renseigner le compte bancaire sur lequel les IJ seront versées et vérifier le paramétrage de son logiciel de paie pour que les signalements soient correctement émis.
La caisse verse ensuite les IJ à l'employeur environ tous les quatorze jours, sans autre formalité. Des bordereaux de paiement (BPIJ) permettent de rapprocher les sommes reçues des arrêts concernés ; ils sont fournis au format XML et consultables sur net-entreprises pour les adhérents à l'attestation de salaire en ligne.
Exemple chiffré : 100 % maintenu pendant un mois d'arrêt
Hypothèses : un salarié non cadre à 2 200 € brut par mois, soit 73,33 € par jour sur 30 jours. Sa convention prévoit le maintien à 100 % pendant soixante jours, avec subrogation. Il est arrêté du 1er au 30 novembre, soit 30 jours. Le salaire journalier de base calculé par la caisse sur les trois derniers mois est de 2 200 × 3 / 91,25 = 72,33 €, ce qui donne une IJ de 36,16 € par jour. La caisse ne paie pas les trois premiers jours (carence) : 27 jours indemnisables.
| Poste | Calcul | Montant |
|---|---|---|
| Salaire maintenu versé au salarié | 100 % de 2 200 € | 2 200,00 € |
| IJ remboursées à l'employeur | 36,16 × 27 jours | 976,32 € |
| Coût brut net de remboursement | 2 200,00 − 976,32 | 1 223,68 € |
| Dont jours de carence supportés seuls par l'employeur | 73,33 × 3 | 220,00 € |
Pour l'employeur, la subrogation ne réduit donc pas ce qu'il paie ; elle ne fait que le rembourser en deux ou trois temps. Il avance en pratique plus d'un mois de salaire avant d'avoir reçu l'intégralité des IJ, puisque le premier versement de la caisse n'intervient qu'après traitement du dossier. Les cotisations patronales, calculées sur le salaire maintenu, ne sont pas remboursées par la caisse. Les chiffres du tableau sont bruts et excluent ces cotisations.
Ce que le salarié voit sur son bulletin
Selon l'organisation du logiciel de paie, le bulletin affiche en général le salaire maintenu, une ligne de déduction des IJ brutes subrogées, puis une réintégration de ces IJ après leur régime social propre. Les IJ supportent la CSG et la CRDS (6,2 % et 0,5 % d'après l'Assurance maladie) et sont imposables, sauf celles qui se rapportent à une affection de longue durée. Le net final ressemble à celui d'un mois travaillé, mais pas à l'euro près, car le traitement des IJ n'est pas celui du salaire. Un écart de quelques euros entre le net d'un mois travaillé et celui d'un mois subrogé est donc normal.
Si le salarié est en subrogation et que la caisse lui verse malgré tout des IJ en direct (erreur de date, de compte ou de signalement), il doit en informer l'employeur : les sommes perçues en double font l'objet d'une régularisation sur la paie suivante.
Quand la subrogation n'est pas possible ou cesse
Plusieurs situations excluent ou arrêtent la subrogation. L'employeur ne maintient rien : les IJ vont directement au salarié. L'employeur maintient moins que les IJ (cas d'un salaire très bas combiné à un maintien conventionnel faible). La période de maintien est épuisée. Le salarié a quitté l'entreprise : la rupture met fin au mécanisme et les IJ suivantes lui reviennent. Dans ces cas, la caisse verse les IJ au salarié sur le compte renseigné à l'assurance maladie, et l'employeur ne doit rien reverser.
Le choix de subroger ou non est aussi un choix de gestion : certaines entreprises préfèrent éviter l'avance de trésorerie sur des salaires élevés et laissent la caisse payer directement le salarié, en ne versant que la différence. Cela reste conforme au Code du travail tant que le salaire total perçu correspond à celui prévu par le texte applicable.
Questions fréquentes
La subrogation est-elle obligatoire pour l'employeur ?
Non. Elle est possible si l'employeur maintient tout ou partie du salaire et si ce salaire est au moins égal aux IJ. Beaucoup de conventions collectives la prévoient, ce qui l'impose alors à l'employeur.
Que se passe-t-il si mon arrêt dépasse la date de fin de subrogation ?
À partir de la date de fin déclarée, les indemnités journalières sont versées directement au salarié par la caisse. L'employeur ne les perçoit plus.
Comment l'employeur déclare-t-il la subrogation ?
Lors du signalement de l'arrêt dans la DSN sur net-entreprises.fr, ou via l'attestation de salaire pour les entreprises non adhérentes. Il indique les dates de début et de fin et le compte bancaire qui recevra les IJ.
Le salarié perd-il quelque chose avec la subrogation ?
Non, tant que le salaire maintenu est au moins égal aux IJ. Il touche une seule somme à la date de paie. La CSG, la CRDS et l'impôt sur les IJ s'appliquent de la même manière qu'en l'absence de subrogation.
Les trois jours de carence de la Sécurité sociale sont-ils couverts par la subrogation ?
Non. La caisse ne verse pas d'IJ ces jours-là, donc il n'y a rien à subroger. L'employeur paie ces jours sur ses propres fonds s'il maintient le salaire dès le premier jour.
Pour aller plus loin : organismes et ressources
- Assurance maladie (ameli entreprise) — La subrogation de salaire en cas d'arrêt de travailConditions, dates de début et de fin, déclaration en DSN ou par attestation de salaire.
- Net-entreprises — Subrogation pour maintien de salaireDéfinition officielle et renvoi aux modalités de déclaration dans la DSN.
- Code du travail numérique — Article L1226-1Base légale du complément de l'employeur sur lequel la subrogation vient s'appuyer.
